Xây dựng DNA mã vạch cây dâu Hạ Châu của thành phố Cần Thơ

Lightbox

TỔNG QUAN KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Đơn vị thực hiện:: Trung tâm Ứng dụng Tiến bộ Khoa học và Công nghệ TP. Cần Thơ
Lĩnh vực:: LV02 – Công nghệ sinh học & Giống
Thời gian thực hiện:: 11/2020 – 10/2022
Địa điểm triển khai:: TP. Cần Thơ
Quy mô:: Thu thập mẫu cây đầu dòng dâu Hạ Châu và các giống dâu đối chứng tại Phong Điền (Cần Thơ), Phụng Hiệp (Hậu Giang), Chợ Lách (Bến Tre) và Cái Bè (Tiền Giang); phân tích phân tử tại CASTRI và ĐH Cần Thơ.
Sản phẩm chính:: Bộ 105 mẫu DNA tinh sạch nồng độ > 50 µg/µl; Thư viện 210 trình tự DNA mã vạch trên 6 vùng gen (atpF-atpH, matK, rbcL, psbK-psbI, trnH-psbA, ITS); Quy trình giải trình tự & bộ mồi primer đặc trưng vùng atpH nhận diện dâu Hạ Châu; 01 bài báo quốc tế ISSN.

Mục tiêu nghiên cứu

Thiết lập cơ sở dữ liệu DNA mã vạch chuẩn và dấu phân tử đặc hiệu giúp định danh chính xác cây đầu dòng dâu Hạ Châu Cần Thơ, phục vụ bảo hộ nguồn gen đặc sản và chống làm giả cây giống.

Kết quả đạt được

Hoàn thành giải mã 210 trình tự DNA từ 35 mẫu đại diện trên 6 vùng gen bảo tồn; 4 vùng gen đạt tương đồng đối chiếu GenBank 99,39–100%, phát hiện vùng psbK-psbI và atpF-atpH đặc trưng cao chưa công bố nhiều; thiết kế thành công 01 cặp mồi primer atpH khuếch đại nhận diện nhanh giống dâu Hạ Châu; công bố 01 bài báo quốc tế.

Khả năng ứng dụng & Chuyển giao

Cơ sở kiểm định chất lượng giống cây đầu dòng dâu Hạ Châu cho trung tâm giống nông nghiệp, vườn ươm cây ăn trái và phục vụ truy xuất nguồn gốc nông sản đặc sản xuất khẩu.

MÔ TẢ CHI TIẾT KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Đề tài "Xây dựng DNA mã vạch cây dâu Hạ Châu của thành phố Cần Thơ" do ThS. Đoàn Thị Hồng Quyên (CASTRI Cần Thơ) làm chủ nhiệm, phối hợp Viện Nghiên cứu và Phát triển Công nghệ Sinh học (Trường Đại học Cần Thơ) triển khai từ 11/2020 đến 10/2022.

Cây dâu Hạ Châu (Baccaurea ramiflora) là đặc sản kinh tế - du lịch sinh thái tiêu biểu của huyện Phong Điền (Cần Thơ), nhưng phương pháp phân loại hình thái truyền thống thường khó phân biệt chính xác cây đầu dòng khi cây còn nhỏ, lá rời hoặc sản phẩm đã sơ chế. Ứng dụng sinh học phân tử DNA barcoding giúp cung cấp "chứng minh thư di truyền" tin cậy tuyệt đối.

Nhóm tác giả đã khảo sát và thu thập mẫu từ các vườn cây đầu dòng bình tuyển ở Phong Điền (Cần Thơ) đối chiếu cùng các vùng dâu Phụng Hiệp (Hậu Giang), Chợ Lách (Bến Tre) và Cái Bè (Tiền Giang). Đề tài ly trích thành công 105 mẫu DNA tổng số tinh sạch (nồng độ trên 50 µg/µl, thể tích 100 µl/mẫu), tiến hành phân lập và giải trình tự hoàn chỉnh 210 trình tự trên 6 vùng gen chỉ thị gồm atpF-atpH, matK, rbcL, psbK-psbI, trnH-psbA và ITS.

Phân tích tin sinh học cho thấy các vùng trnH-psbA, ITS, rbcL và matK đạt tương đồng 99,39–100% trên ngân hàng gen, đồng thời hai vùng biến dị psbK-psbI và atpF-atpH bộc lộ điểm khác biệt đặc hữu giúp nhóm thiết kế thành công cặp mồi primer đặc hiệu vùng atpH dùng kiểm định nhanh giống dâu Hạ Châu. Kết quả nghiên cứu được báo cáo tại hội thảo khoa học 50 đại biểu và công bố trên tạp chí quốc tế có chỉ số ISSN.

Tài liệu đính kèm: HS-KHCN-29-2022 (180 trang)

Tài liệu nội bộ – chỉ hiển thị tóm tắt

Tóm tắt nội dung báo cáo khoa học:

Báo cáo tổng hợp 180 trang công bố 210 trình tự mã vạch DNA trên 6 vùng gen, thiết kế mồi primer đặc hiệu vùng atpH phân biệt giống dâu Hạ Châu và bài báo quốc tế kèm theo.

Infographic

Tải ảnh Infographic

Giới thiệu infographic

Giải mã 210 trình tự DNA trên 6 vùng gen cây dâu Hạ Châu Phong Điền và thiết kế bộ mồi đặc hiệu atpH giúp kiểm định chính xác giống cây đầu dòng, công bố bài báo quốc tế ISSN.

Từ khoá chuyên ngành: #DNA mã vạch #dâu Hạ Châu #Baccaurea ramiflora #primer atpH #Phong Điền #CASTRI